新疆马鹿的养殖有着悠久的传统，特别是建国初期，新疆建设兵团的马鹿养殖，使新疆马鹿养殖的经济和社会效益取得了前所未有的辉煌成绩。然而，随着近几年国际市场的竞争以及国内鹿茸市场的疲软，使新疆马鹿的养殖进入举步维艰的局面，连年的亏损使新疆马鹿的存栏数量急剧下降，有的品种甚至达到濒危的境地。新疆优质的马鹿品种有天山马鹿、阿尔泰马鹿、塔河马鹿和伊犁马鹿。其中天山马鹿和塔河马鹿通过国家品种审定，阿尔泰马鹿和伊犁马鹿未通过国家的品种审定，但阿尔泰和伊犁马鹿也同样有着特殊的体态、鹿茸的质量非常好。通过本次调研，专家组了解到，这几个品种的新疆马鹿，因为经济效益的影响，数量都已非常少，保种势在必行。新疆在马鹿茸及其副产品的深加工方面取得了很大的进步。

最后，专家组与新疆相关负责人进行了高效有序的总结讨论，专家组首先高度肯定了新疆马鹿在育种方面所取得的成绩以及在连年亏损的情况下力挽狂澜、保护种质资源的高度社会责任感。并提出目前存在的问题，明确了进一步保护品种的措施和今后发展的方向。本次调研将形成可行性的调研报告，如实反映行业存在的问题，并提出解决的可行性办法。同时，报告提交相关主管部门，希望能引起国家相关主管部门对目前马鹿种质资源存在的问题的高度重视，出台切实可行的行业政策。